Désignées d'abord sous le terme imprécis de microbes, les bactéries, avec les levures, furent les premiers micro-organismes mis en évidence.
Toute bactérie provient d'une bactérie préexistante, et que "la génération spontanée est une chimère, chaque fois qu'on y a cru, on a été le jouet d'une erreur" (Pasteur).
Des études portant sur des empreintes fossiles et l'analyse génétique des bactéries actuelles permettent d'estimer que les bactéries existaient déjà en tant que telles il y a plus de trois milliards d'années.
Les bactéries sont un groupe de micro-organismes monocellulaires légèrement plus grands que les virus et sont souvent appelées "germes".
La cellule bactérienne comporte, comme toute cellule vivante, un génome, un cytoplasme et des enveloppes.
La structure de base de la paroi des bactéries est plus ou moins importante et est complétée par des constituants variables pour chaque espèce bactérienne.
C'est pourquoi la distinction que permet la coloration de Gram, fixation du violet de gentiane ou du violet cristal résistant à la décoloration par l'éthanol-acétone, pour les bactéries Gram positives, ou, au contraire, la décoloration possible par l'éthanol-acétone, pour les bactéries Gram négatives, correspond en fait à des différences de structure de la paroi de ces bactéries.

La paroi des bactéries Gram positives (G+) est relativement épaisse et dense ce qui explique la difficultés d'en venir à bout.
Il faut qu'elles passent par différents stades chimiques attaquant sa paroi, ce qui transforme les bactéries Gram positives en protoplastes (cellule bactérienne libérée de sa paroi).
L'action de la pénicilline sur les bactéries Gram + aboutit également à la formation de protoplastes et aboutit chez les bactéries Gram -, à la formation de sphéroplastes, équivalents des protoplastes des bactéries Gram +.
Les formes de bactéries spontanément déficientes en paroi sont appelées formes L.
Elles se présentent sous forme différentes, elles sont donc classées de par leur forme :
La forme des bactéries étant génétiquement définie, elle est spécifique de chaque genre bactérien.
Elles peuvent vivre de façon autonome (elles n'ont pas besoin d'autres organismes pour vivre) et se multiplient par subdivisions.
Même si certaines bactéries sont bénéfiques, d'autres produisent des toxines nuisibles et sont donc pathogènes.
Parmi les bactéries pathogènes courantes, on peut citer certains staphylocoques, certains streptocoques, des chlamydiae, les entérobactéries et des gonocoques, etc...
Les bactéries possèdent donc une information génétique particulière qui leur confère le pouvoir d'envahir les tissus pulmonaires ou autres et d'y déclencher de nombreux abcès.
Ces différences génétiques sont appelées : facteurs de virulence.
La réplication et la division de la cellule bactérienne
Les bactéries capables d'utiliser l'énergie lumineuse sont les bactéries phototrophes.
Le groupe des bactéries anaérobies strictes est composé d'espèces dont le métabolisme énergétique non seulement n'implique pas la présence d'oxygène, mais pour qui, en outre, l'oxygène est toxique.
A ce groupe appartient la majorité des bactéries à métabolisme fermentaire, composant la flore anaérobie du tube digestif, ce sont essentiellement les Clostridies ( agents : des gangrènes gazeuses, du tétanos...)
Classification des bactéries
A l'origine, les bactéries étaient nommées en fonction du rôle qui leur était attribué, dans les maladies infectieuses (bacilles du charbon, de la peste, de la tuberculose, etc...).
Quelquefois, la nomenclature s'agrémentait d'un terme évoquant leur morphologie (comme Bactéridie, Clostridie, Vibrion, Spirille, etc.).
Puis la possibilité d'étudier les bactéries en culture pure a permis d'élaborer une systématique bactérienne en les regroupant par famille, genre et espèce.
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